Prezes UTK może nakazać operatorowi OIU wprowadzenie zmian w opublikowanym regulaminie dostępu do OIU. Postępowanie w sprawie prowadzone jest przez Prezesa UTK z urzędu lub na wniosek przewoźnika kolejowego. Mechanizm ten pozwala na sprawdzenie i zmianę treści regulaminów dostępu do OIU, dlatego należy o nim pamiętać.
Przewoźnicy kolejowi i zarządcy do końca czerwca muszą przedstawić Prezesowi UTK raporty w sprawie bezpieczeństwa za rok 2017. Należy pamiętać, że nawet złożenie przed dniem 30 czerwca raportu, który nie zawiera jednak wszystkich informacji wymaganych przez przepisy Ustawy o transporcie kolejowym, nie chroni przed karą pieniężną. Zdaniem Sądu Apelacyjnego w Warszawie, złożenie niekompletnego dokumentu różnoznaczne jest z niewypełnieniem obowiązku ustawowego.
Uznanie dróg kolejowych przedsiębiorstwa korzystającego z własnej kolei za element tzw. transportu wewnątrzzakładowego może nastąpić jedynie w wyjątkowych okolicznościach. Bocznice kolejowe w większości przypadków nie mogą być traktowane jako część systemu transportu wewnątrzzakładowego. Błędna kwalifikacja wynikająca z braku odpowiedniej analizy naraża przedsiębiorcę na karę pieniężną za niedopełnienie obowiązków ustawowych. Ponadto niedopełnienie obowiązków regulacyjnych, w postaci braku statutu sieci kolejowej, jest równoznaczne z nadaniem zarządzanej infrastrukturze statusu infrastruktury nieczynnej, po której nie wolno prowadzić ruchu kolejowego. Takie stanowisko wydał Prezes Urzędu Transportu Kolejowego.
Po zmianie przepisów Ustawy o transporcie kolejowym Prezes UTK ma obowiązek odstąpić od nałożenia kary, jeśli przedsiębiorca niezwłocznie usunął skutki naruszenia przepisów. W jednym z wyroków Sąd Apelacyjny wyjaśnił, co należy rozumieć przez usunięcie skutków naruszenia.
Przeniesienie praw wynikających ze świadectwa bezpieczeństwa użytkownika bocznicy kolejowej na inny podmiot niż adresat tego świadectwa (decyzji administracyjnej), jest niedopuszczalne – tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie popierając stanowisko Prezesa UTK.
